A Igreja da Misericórdia localiza-se no Largo de mesmo nome, no núcleo urbano mais antigo da sede do concelho de Vila de Rei. É à volta deste local de culto que se julga ter desenvolvido o primeiro aglomerado populacional e paróquia da então Portela de São Sebastião.
A então Capela de São Sebastião sofreu ao longo dos tempos algumas reparações e pelo menos uma ampliação. Durante as invasões francesas, época em que foi vandalizada a Igreja Matriz, esteve esta capela a servir novamente a paróquia, passando a designar – se de CAPELA DA MISERICÓRDIA, por ser pertença daquela Irmandade cuja fundação data já do ano 1581. No altar-mor colocou-se um painel representando a Visitação de Nossa Senhora e a imagem de S. Sebastião passou a ocupar o altar lateral do lado do Evangelho. O pintor das telas e do tecto foi António José Neves Sousa e Mota que nasceu em Coimbra, casou e viveu em Vila de Rei.
Em muito bom estado de conservação, é utilizada nas cerimónias da Semana Santa. Não é conhecida a data da sua construção, talvez devido ao facto de terem ardido os arquivos da Irmandade da Misericórdia na casa do Provedor cerca do ano de 1916.
Composta por nave, capela-mor mais estreita e torre sineira. Volumes articulados de disposição na horizontal com cobertura em telhado de 2 águas em telha lusa, exceptuando a torre sineira de disposição na vertical com cobertura em cúpula. Fachadas rebocadas e pintadas a branco com cunhais e embasamento pintado a azul. Registo de azulejos, datados de 1940. Cunhais coroados por pináculos e cobertura em cúpula.
O interior é composto por nave única, coro-alto em madeira e com acesso por escada do mesmo material. Piso em lajeado de ardósia, tendo, ao centro na nave, lápide tumular. Tecto de caixotões, tendo representado, no central, a Virgem da Misericórdia e nos demais, cartelas com acantos e enrolamentos, envolvendo atributos marianos. Nave iluminada directamente por óculo e janela na parede. Arco triunfal com lintel em arco perfeito com impostas salientes, pedra de fecho decorada com o escudo de Portugal e pinturas em todo o perfil do arco. Arco triunfal ladeado por 2 altares em madeira. Capela-mor com piso em lajeado de granito, friso em azulejos, tecto em caixotões, representando uma alegoria à Igreja e o tetramorfo (os quatro Evangelistas). Retábulo em talha dourada. A partir da capela-mor, tem-se acesso à sacristia e à torre sineira.
Para visitas deve-se contactar a Secretaria da Santa Casa da Misericórdia de Vila de Rei.

Também esta igreja começou por ser uma capela – Capela de S. João Baptista – da Freguesia de Vila de Rei. Segundo a tradição oral, a primeira capela foi construída no alto de um pequeno monte situado na margem do Bostelim, entre as povoações de Várzeas e Algar. O lugar ficou por muito tempo a chamar-se «Monte de S. João»; mas à Capela, que desapareceu, sucedeu outra, decerto, melhor, junto da povoação mais central – o Peso – que, por isso, viria, mais tarde, a chamar-se S. João do Peso.

Criada a freguesia do Peso na primeira metade do século XVII, converteu-se esta capela em igreja paroquial, passando o seu Titular a ser também Padroeiro da nova freguesia. A primeira capela deve ter sido muitas vezes reparada e, decerto, ampliada. A igreja actual remonta aos fins do século passado, tendo começado a construir-se em 1892 sob o impulso e orientação de P.e José Adriano de Oliveira Brás. Como a freguesia é pequenina e, nesses tempos, era mais pobre que na actualidade, os trabalhos prolongaram-se por muito tempo, e, apesar da boa vontade e sacrifícios de toda a gente, a obra não pode ficar tão perfeita como convinha.
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Tem a Igreja cinco altares: de S. João Baptista (altar-mor), do Sagrado Coração de Jesus, do Imaculado Coração de Maria, de Santa Teresinha e das Almas. Além das Imagens dos Titulares dos altares, há ainda Imagens do Espírito Santo, Nossa Senhora do Rosário, de Lourdes e da Conceição, S. José, S. Pedro, S. Sebastião, Santo António, S. João de Deus e um quadro da Ceia (Félix, 1968:327-328).

Começou por ser a Capela de Santa Margarida – uma das capelas da freguesia de Vila de Rei até princípios do século XVII. Criada a freguesia da Fundada em 1618, passou a capela a igreja paroquial, ficando a sua Titular também Padroeira da nova freguesia. Bem depressa deve ter sido ampliada e, por tempos, demolida, para ser reconstruída com as dimensões convenientes à nova situação. Ficou então com os três altares que tinha em 1758. A igreja actual foi construída no terceiro quartel do século passado (1867) sob a direcção de um senhor Ladeiras, de Cernache do Bonjardim, tendo executado a obra da talha o entalhador Manuel Teixeira, da freguesia da Cumieira, concelho de Penela.

Desde então tem cinco altares. Por iniciativa dos últimos párocos e generoso auxilio dos fiéis, têm-se ali feito, ultimamente, notáveis trabalhos de reparação e aperfeiçoamento. Tem ainda cinco altares dedicados, respectivamente, a Santa Margarida (Titular), ao Sagrado Coração de Jesus, ao Senhor das Misericórdias, a Nossa Senhora dos Remédios e a Nossa Senhora de Fátima (Félix, 1968:324-325).

A planta do Nova Igreja Matriz foi traçada por António Lino, de Lisboa, o famoso arquitecto do Santuário de Nossa Senhora de Fátima e do Monumento de Cristo Rei. Aguardada há anos, a sua construção data de 19 de Maio de 1968, aquando da sua inauguração. Depois de cerca de sete anos de obras nasceu finalmente a Nova Igreja Matriz, à muito esperada e aclamada pelo povo vilarregense, devido ao estado de degradação e pobreza do templo a que este veio suceder.

No corpo da Igreja temos, de um lado, a Via-Sacra e, do outro, as Imagens que vieram da velha Igreja Matriz: N.ª Sr.ª da Conceição, Titular da Igreja e Padroeira da freguesia, Nossa Senhora do Rosário e Sagrado Coração de Jesus. Nas grandes janelas do corpo da Igreja, colocaram-se lindos vitrais que representam: Nossa Senhora da Conceição, Titular da nova igreja (como fora da antiga Matriz) e Padroeira da freguesia; esta naturalmente na grande janela da fachada. Nas janelas laterais: Nossa Senhora de Fátima – alusão ao Cinquentenário das Aparições da Cova da Iria; S. Pedro e S. Paulo – recordando o «Ano da Fé» comemorativo do XIX Centenário do martírio dos dois grandes Apóstolos; o Patriarca S. José, Esposo virginal da Mãe de Deus, Pai virginal de N. S. Jesus Cristo e Padroeiro da Santa Igreja; Rainha Santa Isabel, Fundadora (com seu marido) e muito venerada Protectora do Concelho de Vila de Rei; Santo António, grande santo português e de muita devoção do nosso povo; S. Sebastião, glorioso Mártir, a quem foi dedicado o primeiro templo de Vila de Rei (Félix, 1968:297).